Gli stereomicroscopi sono usati dagli specialisti di vari campi scientifici e manifatturieri, dato che consentono di analizzare sia campioni di piccole dimensioni che oggetti più grandi. La nitida visualizzazione tridimensionale degli oggetti osservati offerta da questi microscopi consente di esaminarli fin nei più piccoli dettagli, di effettuare misure e operazioni di localizzazione in tutta facilità.